Pod Sanokiem walki obronne z nacierającymi wojskami niemieckimi toczyła 3 Brygada Górska dowodzona przez płk. Jana Kotowicza wchodząca w skład grupy operacyjnej gen. bryg. Kazimierza Orlika-Łukoskiego. W dniu 9 września 1939 r. z Sanoka przez Lesko do Ustrzyk wycofywali się żołnierze Batalionu Obrony Narodowej Sanok (dowódca batalionu kpt. Tadeusz Kuniewski) i toczyli walki w celu opóźnienia marszu Niemców na wschód.

Od 26 października 1939, dystrykt krakowski, powiat sanocki (Landkreis Sanok), któremu podlegały komisariaty wiejskie w Sanoku, Brzozowie i Baligrodzie Przez Sanok na rzece San ustalona została do czerwca 1941 granica międzypaństwowa niemiecko-sowiecka. Prawobrzeżna strona Sanoka oraz część powiatu sanockiego dostały się w okresie 1939-1941 pod okupację sowiecką.

W okresie II wojny światowej w Sanoku mieściła się Komenda Obwodu AK o kryptonimie OP-23, podzielona na 10 placówek. W Placówce Sanockiej dowodzili Placówki: od II 1943 – IX 1943 Władysław Pruchniak „Sęp”, "Ireneusz”, „Felek”, IX 1943 – 1944 Paweł Dziuban „Dziedzic”.

3 sierpnia 1944 Sanok został zdobyty przez wojska radzieckie